5家民营银行不同的经营模式，体现在负债端（即资金端）呈现出巨大差异。

截至2016年二季度末，华瑞银行、金城银行、民商银行、网商银行、微众银行的存款规模分别为141.3亿元、84亿元、22.65亿元、19.86亿元、4.46亿元。到2016年三季度末，各银行存款均有所增加，网商银行存款余额跃升至115.64亿元，微众银行存款规模小幅增加至27.16亿元，民商银行存款规模略减至21.23亿元。

民营银行中的互联网银行，由于其无物理网点，且基于互联网运营的民营银行的远程开户尚存限制，这使得其负债来源主要以同业资金为主，存款较少。截至2016年上半年，就民营银行负债端而言，微众银行同业负债达171.86亿元，占负债总额的93.5%；网商银行446.64亿元负债总额中，存款只有19.86亿元。

到2016年三季度末，两家互联网类民营银行同业资金占比有所下降，微众银行同业负债已达234.75亿元，占总负债比重下降到86%；网商银行存款余额突增至115.64亿元，负债总额增加到458.63亿元。